درباره وجه تسمیه جونقان آرای گوناگونی وجود دارد، از جمله گفته شده است که اهالی اصلی آن از طوایف ابلوردی یا ابیوردی جزوی از ترکان قشقایی هستند که برای تملک مراتع و چراگاه‌های شهر، با بختیاری‌ها درگیری‌های بسیاری داشتند؛ ازاین‌رو، جونقان به معنای محل جاری‌شدن خون است (در زبان ترکی، «قان» به معنای «خون» است).
دیگر اینکه به سبب کشاورزی پررونق این محل، نام آن ابتدا جای دهقان بوده و سپس تبدیل به جانقان و جونقان شده است.
همچنین «گونکان» که نام سابق این شهر بوده در زبان ترکی به معنی «جایگاه خورشید» می‌باشد و علت آن قرارگیری این شهر در ارتفاعات کوه جهان‌بین است
