مجتبی خامنه ای شاید با یک پای مصنوعی ظاهر شودهنوز و همچنان، شایعات و حدس و گمان ها درباره دوران جراحی های پیاپی مجتبی خامنه ای جریان دارد. تازه ترین خبر آلوده به حدس و گمان را نیویورک تایمز منتشر کرده و مدعی شده است: «تاکنون سه عمل جراحی روی یکی از دو پای مجتبی خامنه‌ای انجام شده و پیش بینی می شود که سه عمل جراحی روی یک پایش انجام داده اند و ممکن است سرانجام، از پروتز (پای مصنوعی) استفاده شود. البته معلوم نیست در چه قسمت پا.از پایان حمله امریکا و اسرائیل به بیت رهبری و کشته شدن علی خامنه ای که مجتبی خامنه ای نیز در جریان آن حمله بشدت مجروح شد، تاکنون چند جراحی روی دست و صورت او انجام شده است. بویژه در قسمت لب ها که دچار سوختگی شدید شده و تاکنون قادر به صحبت نبوده است. جراحی ها روی صورت بصورت پلاستیک انجام شده و در مجموع این جراحی ها موفق بوده است.دست راست علی خامنه ای در جریان ترورهای دهه 60، بر اثر انفجار در تربیون سخنرانی از کار افتاد و بناچار نوشتن را با دست چپ آموخت. بخشی از معده وی نیز در جریان همین انفجار و پس از چند عمل جراحی برداشته شد.